首先说明一点：对于题主的问题，怎么振荡、产生pwm、反馈控制并不重要，重要的是开关电源的拓扑。
接着来讨论题主的问题：
①不同拓扑中变压器的作用不一样，反激拓扑将变压器用作储能器件，变压器作用类似电感。而正激类（单管正激、双管正激、推挽、半桥、全桥）拓扑利用变压器本身传输能量和转换电压的特性，储能的特性对于正激拓扑来说反而是不需要的，因而每个周期都需要将变压器中的能量（励磁）放掉（伏秒数平衡），以避免磁芯积攒过高能量发生饱和。
②有些拓扑的变压器副边就应该使用全波整流，如推挽、半桥、全桥拓扑，但一般都是中心抽头；
③全桥整流要用4个二极管，成本高，且副边电流要经过两个二极管，损耗高，因此大多数场景下没有应用价值；
④逆变器中的推挽升压电路是为数不多会使用全桥整流的场景，因为输出电压高达几百伏，多一个二极管压降增加的损耗忽略不计，而变压器副边匝数可以减少一半，可以减少大量漆包线的成本；（比如逆变器上用的全桥整流的升压变压器匝比为(3+3):100，如果用中心抽头就要(3+3):(100+100)了）
⑤单管正激、双管正激拓扑，使用全波整流没有意义，因为到次级的电压根本就没有负半周，只有正半周，半波整流刚好，没有必要画蛇添足。
⑥反激不可使用全波整流。
关于反激需要详细讲讲，因为图一图二这种就都是反激电源。
反激电源由于器件非常少，核心器件就一个变压器、一个开关管、一个二极管，因此非常适合于小功率电源使用，这也就是为什么题主觉得大多数电源都是这样的。但实际并不是，大功率电源比如电脑电源并不会使用反激拓扑。
反激拓扑有明显的特征：①变压器原副边极性相反；②次级二极管后无电感，直接跟着大滤波电容。
思考反激一个周期内的工作过程，在开关管导通时初级通过原边向变压器磁芯储存能量，在开关管关闭时变压器磁芯则通过副边向次级释放能量，其原理与boost电路一致，只不过boost原副边共用一个线圈。二极管在反激的作用是，在开关管导通时阻止变压器副边的电流，这也正是不能使用全波整流的原因。
如果将反激的次级魔改为全桥整流，就会变成一种正激+反激的奇怪电路，此时要比较两种拓扑下谁输出电压更高，谁就会block住另一种拓扑。因此在小占空比或重载时表现为正激，在轻载或大占空比下表现为反激。这种四不像拓扑在一些文献中也有说明。
对于图三中两个电路，不考虑振荡电路，只分析拓扑：
图三上的电路，就是前文讲的魔改造拓扑，其正激输出电压因为电感电容位置不对（电感加了等于没加），固定为输入电压/匝比；反激输出电压与魔改前一致。最终实际输出电压则是两者中的较大值。
图三下边的电路，差一点就是标准的推挽拓扑，“差的一点”是二极管后的滤波电容多余，需要去掉，否则不能调压。但推挽拓扑本身就应该采用全波整流，而抽头或全桥整流从原理上都是可以的。
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